2018-06-05

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继续学R：在Linux下源码方式装R / Installing R from source

之前为了体验一下R，随便用sudo apt-get install r-base r-base-dev装了个R，合计反正就是体验一下，没必要像正规军一样搞得很复杂。然后今天发现一个真理，就是你以前偷的的懒，都会在以后找回来的。

(图源：pixabay)

话说昨天别人问我个小问题，用到quantmod这个东东，甭管它是啥，先装着试试呗。

install.packages('quantmod')

结果想象中的一路yes，顺利安装被没有出现，而是我给我个提示：

package 'quantmod' is not available (for R version 3.1.1)

原本以为我无往不利的搜索大法应该很快解决这个问题，结果这次找了N多网页却没有找到答案，满头雾水的我最后终于意识到，是我的R的版本太旧了😭。好吧，先不管这个quantmod，升级版本先，想用最新版本的最好方式当然是从源码安装了，说干就干，源码安装走起。

准备工作

更新系统

首先更新一下系统

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

无论干点啥，先更新一下，身体倍棒，吃嘛嘛香。

创建目标目录

sudo mkdir /opt/R
sudo chmod 777 /opt/R

我瞎建个目录安装，要是没啥问题的话，其实可以使用默认目录的。

下载源码

去https://www.r-project.org/ 找一下最新的源码，我找到的最新的是这个：

R version 3.5.0 (Joy in Playing) has been released on 2018-04-23.

点进去之后，找到下载链接：https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.5.0.tar.gz)，在Linux系统下执行如下命令，将其下载到本地，解压，并进入目录

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.5.0.tar.gz
tar xzvf R-3.5.0.tar.gz
cd R-3.5.0

安装必要编译工具

其实我也不知道应该按啥，因为不知道系统都有啥，缺啥按啥吧。因为我的系统上曾经按过不少东西，所以没提示缺啥😳。

配置 R

配置我参考的Installing-R-under-Unix_002dalikes，可以使用如下命令查看详细帮助：

./configure --help

一切默认的话，执行如下命令即可

./configure

我手欠，先是执行这个配置命令：

./configure --enable-R-shlib --prefix=/opt/R

其中：

--enable-R-shlib
将R编译成动态库(libR.so)，然后R的执行程序与之链接。加这个纯属我手欠，因为我没有想在其它语言中集成R，并且设置这个选项会影响性能，不过我如实记载我的操作，就放这了。
--prefix=/opt/R
这个指定安装目录，否则会安到默认的目录中。

等半天后提示我系统没有X11，我懒得装X，直接禁用吧（这块有坑，以后再说）

./configure --enable-R-shlib --with-x=no --prefix=/opt/R

编译 R

配置成功后，执行如下命令进行编译：

make

结果等半天后出现如下错误信息：

configuring Java … Cannot find any Java interpreter Please make sure ‘java’ is on your PATH or set JAVA_HOME correspondingly。

晕，这难道不应该在配置阶段报错吗？反正我也不用什么JAVA(估计和我启用--enable-R-shlib有关)，重新配置：

./configure --enable-R-shlib --with-x=no --disable-java --prefix=/opt/R

再次编译，成功！然后执行安装命令：

make install

收尾

测试一下，启动R：

/opt/R/bin/R

已经是最新版本喽。

创建软链接，方便访问

cd /usr/bin
sudo ln -s /opt/R/bin/R R
sudo ln -s /opt/R/bin/Rscript Rscript

补充说明

R的编译和运行需要Fortran编译器以及运行时库支持，我后来不小心卸载了，也运行不起来，也配置和编译不了了。

运行R提示：

/opt/R/lib/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

重新配置则提示：

configure: error: No F77 compiler found

重新安装Fortran编译器，解决问题

sudo apt-get install gfortran

总算把R搞到最新版本啦，否则拿明朝万历年间的R来学习，是有点落伍呢。不过这个不完美，有坑，下篇文章再说咋个坑法吧。

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